A história do Arquivo Municipal tem a sua génese no Arquivo Histórico Municipal de Mafra (1992), na sequência da transferência da documentação em depósito na Ala Sul do Palácio Nacional de Mafra (ao tempo Paços do Concelho) pertencente ao fundo antigo da Câmara Municipal de Mafra e das Câmaras Municipais Extintas, reunindo cerca de 900 metros lineares de documentação, nomeadamente: documentação administrativa, documentação cartográfica e documentação fotográfica produzida entre 1429-1970. No ano de 1992 é constituído o Arquivo Histórico Municipal de Mafra instalado, provisoriamente, nas instalações da Casa da Cultura Dom Pedro V.
A mesma documentação foi objecto entre os anos de 1995 e 2008 de um conjunto de publicações das quais se destacam o recenseamento documental através do Programa de Recenseamento do Património Cultural Móvel, coordenado pelo ex Instituto dos Arquivos Nacionais/Torre do Tombo (IAN/TT), publicado no volume 1 da obra “Recenseamento dos Arquivos Locais: Câmaras Municipais e Misericórdias”, p. 129-154, respeitante ao Distrito de Lisboa, o “Catálogo Fundos Musicais” relativamente às pautas musicais gregorianas dos séculos XIV a XV e o primeiro inventário da documentação dos seis concelhos extintos, actualmente freguesias do Concelho de Mafra, intitulado “Inventário das Câmaras Municipais Extintas: Azueira, Carvoeira, Cheleiros, Enxara dos Cavaleiros, Ericeira e Gradil”.
Em 2009 a par da restruturação do serviço, o qual agrupou o Arquivo Geral, o Arquivo Histórico e o Centro de Estudos de História Local, iniciou a digitalização sistemática de fundos documentais, salientando-se os espólios fotográficos de António Passaporte e do ourives António Maria Ribeiro, bem como a colecção de estampas.
No mesmo ano o Arquivo Municipal de Mafra vê certificada as suas actividades decorrente da Certificação Total NP EN ISO 9001:2000 da Câmara Municipal de Mafra.
Em 2010 a Câmara Municipal de Mafra / Arquivo Municipal de Mafra concorreu ao financiamento da Fundação Calouste Gulbenkian no âmbito do “Concurso de Recuperação, Tratamento e Organização de Acervos Documentais” com o projecto intitulado “Digitalização de fontes locais sobre Guerra Peninsular (1807-1814)” cuja aprovação possibilitou não só a migração para aplicação informática DigitArq, assim como a digitalização da documentação relativamente aos impactos da Guerra Peninsular e da construção das Linhas de Torres Vedras nos concelhos de Arruda dos Vinhos, Loures, Mafra, Sobral de Monte Agraço, Vila Franca de Xira e Torres Vedras. Este projecto disponibilizou "on-line" um total de 42.000 objectos digitais relativos à documentação custodiada pelos Arquivos Municipais de Arruda dos Vinhos, Mafra, Sobral de Monte Agraço, Vila Franca de Xira e Torres Vedras, bem como pelo Arquivo Nacional Torre do Tombo, produzida entre 1807-1814.
Em 2012, o Arquivo Municipal de Mafra encontra-se organizado em dois pólos, um situado nos Paços do Concelho e outro no edifício da Protecção Civil, cuja informação se encontra disponível no catálogo "on-line" http://arquivo.cm-mafra.pt e na web através do endereço http://www.cm-mafra.pt/cultura/arquivo_h.asp.